Po wkroczeniu na Krym Tatarów, wiele klasztorów przestało istnieć, ale ten przetrwał. W XV wieku stał się centrum prawosławia i był rezydencją metropolity. Działał do 1778 roku. Wtedy to Rosja zagarnęła Krym i chrześcijan przesiedlono nad Morze Azowskie.
Bakczysaraj to nazwa dawnej stolicy chanów krymskich. Po turecku oznacza Miasto Ogrodów. Przepływa tu rzeczka Czuruk-Su, czyli Zgniła Woda. To nad tą rzeczką walczyły żmije, które teraz znajdują się w herbie miasta.