Była to jedna z ważnych kresowych stanic I Rzeczypospolitej. Miasto odgrywało istotną rolę strategiczną również w latach międzywojennych. 21 stycznia 1940 roku wybuchło tu mało znane, nieprzemyślane, polskie „Powstanie Czortkowskie” ...
To dawna pogańska świątynia i skalny klasztorek z wielkim, kamiennym stołem ofiarnym przed wejściem. Została ona przejęta później przez chrześcijan, o czym świadczy drewniany, łaciński krzyż ustawiony nad nią. Nie została jednak przekształcona w świątynię. Tę zbudowano ją obok.
Miasto i twierdza założone w 1540 roku przez hetmana wielkiego koronnego Jana Tarnowskiego. Obdarzone licznymi królewskimi przywilejami miało ubezpieczać Podole od napadów.