Architekci muzeum wykorzystali prostotę i klasyczne zasady, które charakteryzują budowle starożytne, pełne światła i matematycznej dokładności. Poza tym, tematyka zbiorów i ich wielkość determinowały przestrzenną aranżację.
Ateny leżą na ośmiu wzgórzach. Na tym najważniejszym, choć nie najwyższym właśnie stoimy. Poniżej, na zachodzie, wzgórze Filopaposa z potężnym monumentem i Pnyks z ruinami kolejnego teatru. Na północnym wschodzie Likavitos – wyrastający nad budynkami niemal idealny stożek.