W roku 1962 władze przejęły budynki szkolne i internatu, dokumentację szkolną i uczennice argumentując to zabezpieczeniem majątku. 17 sióstr straciło pracę. W sumie w latach 1918-62 nazaretanki w liceum wykształciły około 3700 dziewczyn.
W odbudowanym po I wojnie klasztorze zamieszkało Zgromadzenie Sióstr Najświętszej Rodziny z Nazaretu. I dziś tam mieszkają nazaretanki prowadząc przedszkole i szkołę podstawową. W budynku jest „okno życia” dla niechcianych dzieci.
W klasztorze-pensjonacie sióstr nazaretanek w Komańczy, dokładnie przez rok, od 29 października 1955 roku do 28 października 1956 roku internowany był Prymas Polski kardynał Stefan Wyszyński. Można zwiedzić izbę jego pamięci.