Tradycja pochodu sięga średniowiecza. Wtedy to w drugi dzień świąt wielkanocnych szła procesja religijna z Krakowa do wsi Zwierzyniec, która to wówczas była daleko za miastem.
W Krakowie Mędrcy Świata ruszyli na poszukiwanie Jezusa z trzech różnych miejsc. Czerwony – europejski ruszył spod Wawelu, zielony – azjatycki spod pomnika Piłsudskiego, a niebieski – afrykański z Placu Matejki.
Z kościołem św. Barbary związane jest też podanie mówiące, że został on wykonany przez murarzy krakowskich, jako wotum, a do wzniesienia jego użyto cegły pozostałej z budowy kościoła Mariackiego.
Co roku od dziewiętnastu lat trwa święcenie pokarmów na Rynku Głównym w Krakowie, przed bazyliką Mariacką. Stoły mają kształt „jaja”. Po drugiej stronie Rynku, pod Ratuszem stoją inne stoły. Tam przygotowany jest poczęstunek dla ubogich.
Przez lata na placu kościelnym na Skałce stawiano z okazji procesji ołtarz polowy, który pozostał po wizycie Jana Pawła II w 1979 roku. Paulini postanowili zastąpić go jednak nowoczesną budowlą.
W nawie bocznej jest ołtarz św. Stanisława z fragmentami pnia i posadzki – świadkami męczeństwa, bo w tym właśnie miejscu stał ołtarz w romańskiej rotundzie, przed którym król miał zabić biskupa.
Skałka jest - po Wawelu - drugim polskim panteonem narodowym. Na Wawelu chowano królów, biskupów i bohaterów narodowych. Na Skałce znaleźli miejsce ostatniego spoczynku ludzie kultury.
W 1472 roku, na Skałce z fundacji Jana Długosza zbudowano gotycki kościół i klasztor paulinów. Obecny barokowy pochodzi z lat 1731-52. Wtedy otrzymał podwójne wezwanie: Michała Archanioła i Stanisława Biskupa i Męczennika.
Kaplica jest związana z klasztorem norbertanek. Wznosi się na wysokiej skarpie przy ul. bł. Bronisławy, naprzeciwko tego klasztoru i obok kościoła Najświętszego Salwatora. I nie jest wcale łatwo wejść do jej wnętrza.
Kościół należy do najpiękniejszych budowli późnorenesansowych w Polsce. Wnętrze jest jednonawowe, nakryte sklepieniem kolebkowym. Po obu stronach nawy, są symetrycznie ułożone kaplice, co daje wrażenie kościoła trzynawowego.