Król Bolesław w 1081 roku przebrany za zwykłego pielgrzyma miał przestąpić progi tego klasztoru. Na łożu śmierci wyznał swą prawdziwą tożsamość. Nazywany był niemym pokutnikiem z Ossiach...
W nawie bocznej jest ołtarz św. Stanisława z fragmentami pnia i posadzki – świadkami męczeństwa, bo w tym właśnie miejscu stał ołtarz w romańskiej rotundzie, przed którym król miał zabić biskupa.
W 1472 roku, na Skałce z fundacji Jana Długosza zbudowano gotycki kościół i klasztor paulinów. Obecny barokowy pochodzi z lat 1731-52. Wtedy otrzymał podwójne wezwanie: Michała Archanioła i Stanisława Biskupa i Męczennika.