Muzeum mieści się w budynku zabytkowej synagogi, której budowę rozpoczęto w 1741 roku, prawdopodobnie w miejscu starszej, drewnianej. Stoi ona ok. 300 m na północ od rynku, w centrum dawnej dzielnicy żydowskiej.
1 stycznia 1939 roku Praszka liczyła 4332 mieszkańców, w tym 1016 Żydów. Trudnili się głównie handlem transgranicznym i rzemiosłem. Na Prośnie bowiem do 1939 roku była polsko-niemiecka granica.
W 1993 roku ruinę przekazano lokalnej gminie żydowskiej. To ona, przy wsparciu różnych darczyńców, zapoczątkowała remont. Utknął on jednak, z braku funduszy, w miejscu. Szacuje się, że potrzebne są miliony…
Synagoga Izaaka była największą i najlepiej wyposażoną bożnicą w Krakowie. Surowy wygląd budynku i brak dekoracji zewnętrznych, nie pozwalał domyślać się bogato wyposażonego wnętrza.
Synagoga była kilkakrotnie przebudowywana, ale zachowała tę samą formę architektoniczną i styl mauretańsko-neorenesansowy. Kilka razy w roku odbywają się tu uroczyste ceremonie religijne, a uczestniczą w nich Żydzi z całego świata.
W 2008 roku synagogę odzyskała Gmina Wyznaniowa Żydowska. Odbyła się pierwsza uroczystość religijna od zakończenia II wojny światowej i pierwsza uroczystość religijna w Krakowie prowadzona przez rabina kobietę.
Synagoga ufundowana została w 1620 roku przez Wolfa Poppera, jednego z najbogatszych kupców i finansistów żydowskich w Krakowie.
Starą Synagogę zbudowali ją czescy Żydzi, którzy po pogromie w Pradze w 1389 roku, szukali schronienia w Polsce. Budując inspirowali się dwunawowymi synagogami gotyckimi w Ratyzbonie, Wormacji i Pradze.
Wejść strach. Podchodzę tylko do ściany, zaglądam przez dziurę po dawnych drzwiach. Zdobi ją ładny kiedyś tympanon. Z góry zwisają spękane i opalone belki stropowe, wewnątrz rosną pokrzywy.
Na niewielkim wzgórku za zabudowaniami z traw wystają macewy. Piaskowiec, łupek, wapień… – stojące, przekrzywione, przewrócone… Podnosić upadłe macewy zakazuje żydowska tradycja. Muszą zostać tak jak pochylił je czas.
