Jasnogórski obraz od początku słynął cudami które rozsławiły sanktuarium. Dziś wizerunek Czarnej Madonny na obrazkach można spotkać na całym świecie. W tym miejscu trzeba zaznaczyć że nie zanotowano nigdy żadnych objawień...
W pewnej chwili woły zaczęły kopać kopytami w ziemię, z której znienacka wypłynęła woda. W dowód wdzięczności książę w tym miejscu nakazał postawić drewnianą kapliczkę. Umieścił w niej figurę Matki Bożej, którą wiózł ze sobą.
Jedna z kaplic, poświęcona jest Polsce. W 1994 r. stanął w niej wizerunek częstochowskiej Czarnej Madonny, obok wisi orzeł i tarcza, na której widnieją symbole Polski, Węgier i zakonu paulinów.
Przez lata na placu kościelnym na Skałce stawiano z okazji procesji ołtarz polowy, który pozostał po wizycie Jana Pawła II w 1979 roku. Paulini postanowili zastąpić go jednak nowoczesną budowlą.
W nawie bocznej jest ołtarz św. Stanisława z fragmentami pnia i posadzki – świadkami męczeństwa, bo w tym właśnie miejscu stał ołtarz w romańskiej rotundzie, przed którym król miał zabić biskupa.
Skałka jest - po Wawelu - drugim polskim panteonem narodowym. Na Wawelu chowano królów, biskupów i bohaterów narodowych. Na Skałce znaleźli miejsce ostatniego spoczynku ludzie kultury.
W 1472 roku, na Skałce z fundacji Jana Długosza zbudowano gotycki kościół i klasztor paulinów. Obecny barokowy pochodzi z lat 1731-52. Wtedy otrzymał podwójne wezwanie: Michała Archanioła i Stanisława Biskupa i Męczennika.
Na dziedzińcu klasztoru znajduje się sadzawka św. Stanisława. Na środku stoi barokowa figura biskupa, z pierwszej połowy XVIII wieku. Legenda mówi, że do sadzawki zostały wrzucone posiekane szczątki biskupa.