Przez lata na placu kościelnym na Skałce stawiano z okazji procesji ołtarz polowy, który pozostał po wizycie Jana Pawła II w 1979 roku. Paulini postanowili zastąpić go jednak nowoczesną budowlą.
W nawie bocznej jest ołtarz św. Stanisława z fragmentami pnia i posadzki – świadkami męczeństwa, bo w tym właśnie miejscu stał ołtarz w romańskiej rotundzie, przed którym król miał zabić biskupa.
Skałka jest - po Wawelu - drugim polskim panteonem narodowym. Na Wawelu chowano królów, biskupów i bohaterów narodowych. Na Skałce znaleźli miejsce ostatniego spoczynku ludzie kultury.
W 1472 roku, na Skałce z fundacji Jana Długosza zbudowano gotycki kościół i klasztor paulinów. Obecny barokowy pochodzi z lat 1731-52. Wtedy otrzymał podwójne wezwanie: Michała Archanioła i Stanisława Biskupa i Męczennika.
Kaplica jest związana z klasztorem norbertanek. Wznosi się na wysokiej skarpie przy ul. bł. Bronisławy, naprzeciwko tego klasztoru i obok kościoła Najświętszego Salwatora. I nie jest wcale łatwo wejść do jej wnętrza.
Kościół należy do najpiękniejszych budowli późnorenesansowych w Polsce. Wnętrze jest jednonawowe, nakryte sklepieniem kolebkowym. Po obu stronach nawy, są symetrycznie ułożone kaplice, co daje wrażenie kościoła trzynawowego.
Kościół budowano do 1632 roku – ukończono go dwa lata po śmierci Wolskiego. Wolski w testamencie wyraził życzenie, aby pochowano go anonimowo, w stroju kamedulskim, u wejścia do nawy, by jego grób deptały nogi wiernych.
Z okazji 92. urodzin Karola Wojtyły 18 maja 2012 roku słynny gabinet figur woskowych Madame Tussauds w Berlinie dostarczy figurę woskową Jana Pawła II do Wadowic.
Kiedy zaczęto organizować skansen i sprowadzono kościół, powstała na Woli Justowskiej parafia. Dziś ta sama parafia domaga się wykreślenia skansenu z rejestru zabytków, bo najważniejszy jego element, czyli drewniana świątynia, już nie istnieje.
Na dziedzińcu klasztoru znajduje się sadzawka św. Stanisława. Na środku stoi barokowa figura biskupa, z pierwszej połowy XVIII wieku. Legenda mówi, że do sadzawki zostały wrzucone posiekane szczątki biskupa.
